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?RNA 方面的研究 完整RNA 的提取和純化

更新時間:2024-03-25      點擊次數:440

完整RNA 的提取和純化,是進行RNA 方面的研究工作,如Nothern雜交、mRNA 分離、RT-PCR、定量PCR、cDNA合成及體外翻譯等的前提。所有RNA的提取過程中都有五個關鍵點,即1):樣品細胞或組織的有效破碎;2),有效地使核蛋白復合體變性;3),對內源RNA酶的有效抑制;4)有效地將RNA從DNA和蛋白混合物中分離;5),對于多糖含量高的樣品還牽涉到多糖雜質的有效除去。但其中最關鍵的是抑制RNA酶活性。RNA 的提取目前階段主要可采用兩種途徑,1),提取總核酸,再用氯化鋰將RNA 沉淀出來;2),直接在酸性條件下抽提,酸性下DNA與蛋白質進入有機相而RNA 留在水相。第一種提取方法將導致小分子量RNA 的丟失,目前該方法的使用頻率已很低。

方法一:總RNA 的試劑盒快速提取

一些公司推出的總RNA 提取試劑盒,可以用來制備高質量的可用于建庫的RNA 。該總RNA 純化系統采用兩種著名的RNA 酶抑制劑,異硫氰酸弧(GTC)和β-巰基乙醇,加上整個操作都在冰浴下進行,這樣就能顯著降低RNA 的降解速率。GTC和N-十二烷基肌氨酸鈉的聯合使用,將促使核蛋白復合體的解離,使RNA 與蛋白質分離,并將RNA 釋放到溶液中。而進一步從復合體中純化RNA ,則根據Chomc zynski和Sacchi的一步快速抽提法進行,采用酸性酚-*混合液抽提。低pH值的酚將使RNA 進入水相,這樣使其與仍留在有機相中的蛋白質和DNA分離。水相中的RNA 可用異丙醇沉淀濃縮。進一步將上述RNA 沉淀復溶于GTC溶液中,接著用異丙醇進行二次沉淀,隨后用乙醇洗滌沉淀,即可去除所有殘留的蛋白質和無機鹽,而RNA 中如含無機鹽,則有可能對以后操作中的一些酶促反應產生抑制。

一:儀器

恒溫水浴,冷凍高速離心機,紫外分光光度計,取液器,電泳儀,電泳槽。

二:試劑

RNA 提取試劑盒,0.05%焦*(DEPC),75%乙醇

操作步驟

(一):細胞或組織破碎

A:微生物材料

1:發酵3-4天(或對數生長期)的菌體,離心收集菌絲體(動植物材料無需此步處理)

2:用經DEPC處理的水洗菌絲體2-3次,并盡量除去殘存的水

3:加液氮充分研磨,使其成為粉末,以釋放RNA

4:研磨后的樣品轉移至12ml變性液的容器中勻漿。

B:動植物細胞培養材料 (適用的樣品量為細胞:108)

1:細胞或組織培養:按常規方法進行

2:深層懸浮培養細胞的破碎:

(1)細胞收集:含一定濃度的細胞培養液置于無菌離心管中,4℃,3000g離心5分鐘

(2)細胞洗滌:上步沉淀用25毫升滅菌后冰凍的1×PBS緩沖液洗滌,然后4℃,3000g離心5分鐘,

(3)細胞破碎:在沉淀細胞中加入15毫升預冷的變性液,用無菌處理過的勻漿器勻漿

3:表面培養細胞的破碎:

(1)確定培養瓶數量,使選定的各培養瓶細胞累加后總量達108

(2)細胞收集:將培養液倒掉,用預冷的無菌PBS緩沖液洗滌一次,在培養瓶中加入8毫升預冷變性液,轉動培養瓶,使細胞溶解,此時可見粘度加大。

(3)用無菌吸管將第一個培養瓶中的液體吸入第二個培養瓶,旋轉,溶解細胞,再吸入第三個培養瓶,以此類推,直到將所選定的培養瓶全部洗滌一次,然后從第一個培養瓶開始再加入4毫升上述變性液,將所有培養瓶洗一次。

(4)將上述12毫升含細胞的變性液轉移至一50毫升無菌離心管中,勻漿破碎細胞。

C:植物組織破碎 (適用的樣品量為0.05g組織)

(1)將600ul變性液置于1.5ml離心管中,將此離心管放于冰浴中5分鐘。

(2)將0.05g新鮮組織用液氮冰凍

(3)在液氮下,研磨組織塊

(4)待液氮揮發后,將上述分散的組織轉移至無菌離心管中。

D:動物組織破碎 (適用的樣品量為1克組織)

(1)將12毫升變性液置于50毫升離心管中,將此離心管放于冰浴中5分鐘。

(2)在上述管中加入1克新鮮或冰凍動物組織,勻漿粉碎。

注1:研磨組織塊用于RNA 提取的樣品,必須是新鮮的細胞或組織,如采樣后,不能立即用于提取則樣品應用液氮速凍并貯于-70℃的冰箱中保存。

2:變性液及相應的離心管需預冷。

(二):RNA 的抽提

在經變性液勻漿的細胞或組織600ul+60ulpH4.0的2M乙酸鈉混勻,可用漩渦振蕩器。

600ul酚\*\*(25\24\1),混勻或漩渦振蕩器振蕩10秒。

冰裕中10-15分鐘,離心,4℃,10000g,20分鐘。

上層水相吸至無菌離心管中+等體積的異丙醇,-70℃,30分鐘沉淀RNA。

離心4℃,10000g,20分鐘。

沉淀RNA ,冷凍干燥15分鐘 , RNA 沉淀重新溶于300ul變性液中,可振蕩(有時為了幫助溶解,可在65℃加熱,但時間應極短)。

60ulpH4.0的2M乙酸鈉混勻,可用漩渦振蕩器。

600ul酚\*\*(25\24\1),混勻或漩渦振蕩器振蕩10秒。

冰裕中10-15分鐘,離心,4℃,10000g,20分鐘。

上層水相吸至無菌離心管中。

等體積異丙醇二次沉淀(-70℃,30分鐘),75%乙醇洗沉淀,沉淀冷凍干燥,復溶于去RNA 酶的水中(對于準備長期保存的RNA 可加入pH 5.0的乙酸鈉至終濃度為0.25M,再加入2.5體積的乙醇,-70℃保存。)

注:1變性液組成:25g異硫氰酸胍溶于33mlCSB(42mM pH4.0乙酸鈉、0.83%十二烷基肌氨酸鈉、0.2mM β-巰基乙醇),65℃溶解,過濾滅菌,4℃預冷。

2酸性酚配制:55℃時,500g酚溶入500ml50mM,pH4.0乙酸鈉,混勻,靜止分層后,去上清,再反復加500ml50mM,pH4.0乙酸鈉,直到pH<4.1。

方法二: 氯化鋰法提取總RNA

本方法用高濃度尿素變性蛋白并抑制RNA 酶,用氯化鋰選擇沉淀RNA ,其特別適合于從大量樣品中提取少量組織RNA ,具有快速簡潔的長處,但也存在少量DNA的污染及RNA 得率不高,小RNA 片斷丟失的缺陷。

儀器: 同上

試劑:

氯化鋰/尿素溶液【氯化鋰126g(3M) 尿素、360g(6M) 加水至1L,過濾滅菌】

懸浮液【10mM  Tris-HCL (pH7.6) ,1mM  EDTA (pH8,0) ,0.5%SDS】

其余同上

操作步驟:

1:對于大量組織或細胞,則每克組織或細胞加入5-10ml氯化鋰-尿素溶液,勻槳器高速勻槳2分鐘;對于少量細胞(107個細胞/ml),則每克組織或細胞加入0.5ml氯化鋰-尿素溶液手工勻槳,并轉移至Eppendof管中

2:勻槳液在0-4℃放置4小時后,12000g離心30分鐘

3:取沉淀,加入原勻槳液1/2體積的氯化鋰-尿素溶液,重復步驟2

4:沉淀用原勻槳液1/2體積的氯化鋰-尿素溶液復溶后,加入等體積酚/*/*在室溫放置15-30分鐘并不時搖動混勻,4000g離心5分鐘

5:取上層水相,加1/10倍體積的3M乙酸鈉(pH5.2)及2倍體積的乙醇,-20℃放置1小時,5000g離心。

6:70%乙醇洗沉淀一次。真空干燥。

7:RNA 溶解液溶解沉淀,得RNA ,分裝,于-70℃保存。

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